冬季来临，银杏苗木病虫的越冬场所相对固定、集中，是防治的关键时期。
冬季害虫多以卵、幼虫、茧、成虫（介壳虫）在土壤、枯枝落叶、杂草、树皮、裂缝、芽腋、枝干等处越冬；病菌多以菌丝体、孢子在病残体中、土壤中越冬。如叶蝉将卵产在桂花、阴香、香樟树枝条上越冬（产卵处有白色的物质），该处以上的枝条枯死；小叶榕木虱以若虫、卵在叶腋处越冬。要及时清除这些越冬病虫体和清洁越冬场所。应清除枯枝落叶、杂草；剪除病虫枝、重叠枝，这可直接消灭大量越冬害虫和病原，改善银杏树木通风透光条件，增强来年树势；
人工摘除虫茧、卵块、虫苞、刮除越冬蚧虫；翻耕土壤抗晒以减少土壤中越冬病虫；同时抓紧蛀干害虫的防治。应在落叶后至土壤封冻前进行（12月）树干涂白，这不仅可以杀死在树干上越冬的病虫，还可有效地减轻冻害。涂白材料为生石灰、硫磺（或石硫合剂）、水、盐；涂白高度为1.1米。
冬季还要银杏注意防冻。冻害是由于气温的急骤下降致使植物原生质膜上出现透性较大的非脂类空隙，细胞内物质的渗漏而引起细胞死亡。可剪去初冬抽发的嫩枝以促进枝条的木质化及营养的积累，提高抗寒能力；停止对银杏树木施入氮肥，可适当施些磷、钾肥；喷施抗冻剂，以增强植物的抗冻能力，减少低温下原生质内形成冻晶体对膜系统的机械伤害；根颈培土可防止根颈和树根冻伤，同时也能减少土壤水分的蒸发；对不抗寒的名贵树种，还可以在银杏树木的上风方向架设风障。